纖維束過濾器運行一段時間后偏要進行反沖洗，來確保過撼出水水質，反沖洗方式通常有兩種：單水反沖洗和氣、水聯合反沖洗。為確定纖維球除油反應器合理的反沖洗方式，在反沖水強度為10L/m'、反沖洗時間為20min的情況下，首先進行單水反沖洗.然后保持反沖水強度和時間不變，從零漸加大反沖氣強度至30 L/m，進行氣、水聯合反沖洗.并分別側定不同反沖洗情況下的反沖試驗發現，對改性纖維球進行單洗效果并不理想，即纖維球過濾污水的周期甚至是石英砂濾料的50倍以上，由于不需要頻繁地進行反沖洗，所以，纖維球過濾運行非常便捷穩定．并且可以減少工作量。

      反沖洗是為恢復濾池正常工作所采用的反向水流沖洗濾層的操作過程。操作時，水流經底部排水系統反向通過濾池，以沖洗掉濾料中的堵塞物質，并減少產生水頭損失的因素。不同類型的濾池具有不同的反沖強度與反沖時間，對于快濾池反沖強度為36-54m/h，反沖洗時間為5-10min，濾層膨脹率達40%-50%。另外，在采用離子交換法處理水或廢水時，以及樹脂再生操作前也需先進行反沖洗，其目的在于松動樹脂層和去除樹脂層中的雜質、破碎顆粒等。
       纖維球過濾可以進行氣、水同時反沖洗，通過氣體的強烈攪動作用使懸浮顆粒脫離濾料表面進入水體，隨著反沖洗水而流出濾池，從而節省大量的反沖洗水量，由于纖維球過濾池上方設有多孔板，能夠防止濾料隨著反沖洗水流失，反沖洗需要有足夠的沖洗強度和水頭，如果有難以洗掉的附著物，需加合適的清洗劑反沖洗的水要迅速排除，可以回流至污水來路，如果遇到特殊狀況，反沖洗時間要根據實際情況確定，不能太長，小心沖散濾料。